中医与气功在理论上有非常密切的关系，可谓是相辅相成，息息相通。比如丹田学说，是气功最为重要的基础理论之一。历代气功学家，为丹田作了许多神秘美妙的命名，如“龙宫”、“北海”、“玄冥”、“元华”、“神炉”、“内鼎”，等等，足见其对丹田的重视。其实，用中医的理论来观察与分析，丹田不过是人体一组重要穴位的总称抑或别名。例如，丹田就是关元，龙宫就是气海，元华就是神阙，泥丸就是百会等，丹田学说，实际上就是中医腧穴学说的延伸和发展。
又如精气神学说，也是气功当中的重要理论之一，实际上它亦从属于中医理论的范畴。“夫精者，生之本也”、“生之来，谓之精，两精相搏谓之神”等，足见两者之间的关系。
大小周天运动，是气功借“周天”这一古代天文术语，来说明内气在人体的运行情况。其中，内气沿任督二脉循行者为小周天，沿十二经脉依次流注循行则为大周天。可见，周天学说，实际上是中医经络学说的体察和运用。