林则徐知道列强不会就此罢休，着手加强和改善沿海一带的防御力量，并专门派人从外国秘购200多门新式大炮配置在海口炮台上。不久，鸦片战争爆发，英国军舰进犯广州，见海防严密，无法得逞，就改攻浙江，陷定海，不久北侵攻占了大沽。京师震恐，道光帝慌忙和英国议和。
林则徐抗英有功，却遭投降派诬陷。道光帝为了向英国人交代，只好把林则徐革职查办，“从重发往伊犁，效力赎罪。”道光二十一年（1841年）7月14日，林则徐忍辱负重，踏上戌途。在贬戌途中，林则徐仍忧国忧民，并没有因为远放新疆而唏嘘，更没有因为个人命运的坎坷而心生怨愤。同妻子在西安告别时，林则徐写下了“苟利国家生死以，岂因祸福避趋之”的诗句，激励自己。
到了新疆之后，林则徐并没有因此而意志消沉。他不顾年高体衰，踏遍了新疆各地，实地勘察了南疆八个城镇，加深了对西北边防重要性的认识。林则徐从当时翻译的资料中认识到沙俄对中国的威胁，于是他向伊犁将军布彦泰提出“屯田耕战”，巩固边防的政策，严密提防沙俄。林则徐的远见卓识，已被后来的历史所证实。