从那以后，康熙帝决心除掉鳌拜。他派人物色了一批十几岁的贵族子弟担任侍卫，这些少年个个长得健壮有力。康熙帝把他们留在身边，天天练习摔跤。鳌拜进宫去，常常看到这些少年吵吵嚷嚷在御花园里摔跤，只当是孩子们闹着玩，并不在意。有一天，鳌拜接到康熙帝命令，要他单独进宫商量国事。鳌拜像平常一样大模大样地进宫去。刚跨进内宫的门槛，忽然一群少年拥了上来将鳌拜团团围住。鳌拜虽然是武将出身，力气也大，可是双拳难敌四手，被这些少年打翻在地。
鳌拜被抓进大牢，康熙帝宣布鳌拜三十条罪状。大臣们认为，鳌拜专横跋扈，擅杀无辜，罪行累累，应该处死。康熙帝念及鳌拜的功劳从宽发落，改为将其终身监禁。
三藩之乱
清军入关后需要对付李自成起义的力量和南明政府的反抗，自身兵力有限，所以不得不依靠明朝的降官。于是，在明朝降将中，耿仲明、尚可喜、吴三桂三人取得的功劳最多，所以均受封为王。他们所率领的军队成为八旗以外的重要力量。清军统一全国之后，把八旗基本力量放置在北方，以保卫京师及驻防各重要地区，而南方就暂让给他们去镇守。吴三桂驻守云南，尚可喜驻守广东，耿精忠（耿仲明之孙）驻守福建，这样便形成了三藩。三藩拥兵自重，把持地方财政，欺压百姓，俨然已经成了一个单独的王国。