唐、鲁的对立削弱了东南的抗清势力。表面上奉隆武正朔的各地大臣也往往私心自用。朱聿键是位有恢复大志的君主，他所采取的政策措施大体上也是正确的。可是，真正效忠于他的人并不多，在福建他受制于郑芝龙、郑鸿逵兄弟；在外的湖广等地总督何腾蛟只知利用隆武帝的信任把湖南和贵州东部视作自己的禁脔，威福自操；广西巡抚瞿式耜意在拥立桂藩，同隆武朝廷貌合神离。向心力比较强的是赣南和广东。隆武帝开初并没有看出何腾蛟的割据自雄心理，对何腾蛟的请官请爵几乎是言必听从，不仅把湖广地区的全权委任给他，还指望他派兵进入江西，把自己从郑氏集团控制下的福建迎接到赣州或者湖南。当时，正是大顺军余部同何腾蛟、堵胤锡达成联明抗清协议、湖广兵力正盛的时候，隆武帝认为浙东、福建有鲁监国、郑芝龙的兵力抗击清军，自己移驻赣州或湖南，可以就近节制赣南、湖广、广东和云南、贵州调来的军队同清方较量，收复失地。然而，他的这一计划既遭到郑芝龙的反对，又得不到何腾蛟的真心支持，终于化为泡影。