嘉靖二十八年（1549年），又重修《问刑条例》249条。嘉靖三十四年（1555年）又新增89条。《问刑条例》颁行后，“律例并举”开始盛行，尤其是万历十三年（1585年），刑部尚书舒化又重修《问刑条例》，计有382条，并以“律为正文，例为附注”的体例，与明律合编刻印，名为《大明律附例》。之后，又加续修，为385条，其原文现存于《万历重修大明会典》中，开创了律例合编的新体例。后来，这种体例被清律所继承。
明朝在修订《问刑条例》的过程中，始终把握“立例以辅律，贵依律以定例”的原则，以《大明律》作为编纂条例的基础和出发点，根据社会形势的发展变化，再去补充、修正《大明律》的有关条款。比如，明中叶官僚贵族为获取暴利，倒卖盐引、盗掘矿藏。为此，《问刑条例》加强了对“兴贩官私盐引”、武装贩卖私盐和盗采金属矿藏行为的打击力度。针对当时农民起义和民变次数增加的现实，《问刑条例》新增了有关加强防守城池、要地的条款，加重对强盗打劫、官吏捕获不力等犯罪的处罚。明朝的条例，就是刑事方面的单行法规，往往来自于司法审判的真实案例。对某一具体案例的判决，经皇帝批准后，便可作为以后同类案件的审判依据，上升为可以普遍适用的法律形式。因此，条例的制定过程，与律典的修订过程有所不同。