30年代苏军战斗力有了突飞猛进的提高，大规模地进行技术装备改造，组建了装甲和机械化部队，发展壮大了空军和炮兵等兵种。为了培养大批适应新形势需要的高级军事指挥人才，1936年苏军选送了大量学有专长的年轻指挥人员，进入工农红军机械化、摩托化学院速成班进修，崔可夫以具有颇深军事功底的“军中才子”身份被选入校。
这年12月，36岁的崔可夫走出校门时，被任命为机械化旅旅长。
三四十年代的苏联，国内展开了一场血腥的大清洗，许多战功卓著的指挥官惨遭迫害。崔可夫幸运地躲过了这场可怕的洗劫，连连加官晋爵。1938年4月，他升任步兵第5军军长，7月他又被擢升为白俄罗斯特别军区博布鲁伊斯克集团军集群司令。
1939年苏芬战争爆发。崔可夫以司令员之职，带领第9集团军参加这场极不光彩的侵略战争。
在这场以大凌小的战争中，崔可夫所部的任务是切断芬兰军队的“腰部”。尽管苏第9集团军实力雄厚，火力先进，但士兵多是蒙古人和乌克兰人，他们对邻近北极圈近零下40℃的严寒气候及北方森林环境根本无法适应。许多苏军士兵还是穿着夏季的皮靴打入芬兰领土的，很多人冻伤了脚，更有许多士兵在睡梦中冻死在1米多深的雪地里。加上苏军对芬军兵力部署和地形不熟悉，以及机械化部队难以展开等因素，侵芬苏军几乎全军覆没，崔可夫所辖第9集团军也遭到了前所未有的惨败。这样，崔可夫被撤销了司令员职务。这是崔可夫一生中败得最惨的一场战争。