近代基督教的输入，和中国冲突颇多。推其源，实出于政治上的误解。基督教的教义，如禁拜天、拜祖宗、拜孔子等，固然和中国的风俗是冲突的。然前代的外教，教规亦何尝不和中国风俗有异同？况近代基督教初输入时，是并不禁拜天、拜祖宗、拜孔子的。明末相信基督教的，如徐光启、李之藻辈，并非不了解中国文化的人。假使基督教义和中国传统的风俗习惯实不兼容，他们岂肯因崇信科学之故，把民族国家，一齐牺牲了。
当时反对西教的，莫如杨光先，试看他所著的《不得已书》。他说他们“不婚不宦，则志不在小”。又说，“其制器精者，其兵械亦精”。又说，他们著书立说，谓中国人都是异教的子孙。万一他们蠢动起来，中国人和他相敌，岂非以子弟敌父兄？又说：“以数万里不朝不贡之人，来不稽其所从来，去不究其所从去；行不监押，止不关防。十三省山川形势，兵马钱粮，靡不收归图籍。百余年后，将有知余言之不得已者。”因而断言：“宁可使中国无好历法，不可使中国有西洋人。”
原来中国历代，军政或者废弛，至于军械，则总是在外国之上的。到近代，西人的船坚炮利，中国才自愧弗如。而中国人迷信宗教，是不甚深的。西洋教士艰苦卓绝的精神，又非其所了解。自然要生出疑忌来了。这也是在当日情势之下，所不能免的，原不足以为怪，然攻击西教士的虽有，而主张优容的，亦不在少数。所以清圣祖初年，虽因杨光先的攻击，汤若望等一度获罪，然教禁旋复解除。康熙一朝，教士被任用者不少。于中国文化，裨益实非浅鲜。此亦可见基督教和中国文化，无甚冲突了。