赫德担任总税务司的职务一共有四十六年之久，直到1909年（宣统元年）才去职回国。在这一段时期内，他深深地取得了帝国主义和清朝封建政权的信任，中外反动势力对他十分重视，倍加赞赏。英、法、日、俄等帝国主义政府给赫德的勋章、爵位共有二十四次之多，清政府给赫德的奖励也有八次。
赫德利用总税务司的职位，从各方面伸张帝国主义的侵略权利。他在上任后不久，就给中国海关制定了一套殖民地性质的管理制度。按照这套制度，总税务司掌握海关行政、用人和财务大权，各地税务司只向总税务司个人负责：各地税务司和高级职员都由外国人担任，中国人只能充当下级职员。通过这套制度，帝国主义便全部控制了中国海关的管理权。当时海关税收是清政府的一项很重要的财政收入，也是清政府借外债和偿付赔款的重要抵押，所以帝国主义控制了中国的海关，同时也就掌握了清政府的财政经济命脉。赫德因此也就可以利用他的总税务司的职位来干涉和支配清政府的内政和外交了。